高等教育存在诸多问题，其中质量差、效率低、效率低是最突出的问题。归根结底，造成这些问题的原因在于现行的高等教育管理制度和在这一制度下形成的高校运行机制。

1.现行高等教育制度的弊端

首先，高校办学自主权受到抑制。在目前的高等教育体制下，高等教育学校处于从属地位，办学自主权受到严重抑制。集中控制的制度和计划促使高校的各项工作顺从教育主管部门，严重影响了高校办学的主动性和众多教育员工的创造力和主动性。高等教育在服务社会经济方面的作用与高校的地位不相称，高校的功能也没有得到充分发挥。

其次，源配置不合理。如今，高等教育的资源配置仍然是一种规划模式，不能及时准确地反映社会、经济、市场和个人的需求，也大大抑制了资源的独立合理流动。同时，人为划分重点大学和学科，将有限的资源倾向于少数重点大学和学科，必然会对大多数高校造成各种损害。重点大学应该在市场竞争中产生，而不是由政府培养。相反，政府培养得越多，大学的功能就会下降。第三，缺乏长期规划。中华人民共和国成立以来，我国高等教育的发展缺乏战略愿景和长期规划，始终难以满足社会发展的需要。高等教育的决策大多是头痛、脚痛和短期行为。

2.高校运行机制不足

首先，高校的行政机制和关闭严重。高校是办学主体，其主要作用是提供优质的教育产品，为社会经济发展培养优质的人力资源。学校组织、管理、运营、教育、科研都必须服从这一点。如今，高校的运行机制恰恰相反。教育主管部门不仅把高校当成自己的附属机构，还把自己当成准行政单位或者准官方机构。大多数高校也存在于政府和党委设立的部门中。政府机构和行政后勤是控制高校运作的关键和主角，教学、科研和管理按照行政权力的意愿进行安排。学校将政府的相关计划分解到学校的各个方面，然后通过行政手段实施，各部门只能执行和完成计划和任务。

其次，人事分配机制僵化。高校行政机制必然导致人事分配机制僵化。人员出入，干部免职，缺乏灵活性。同时，教职员工的工资和奖金只与职称和职位有关。有了相应的职称和职位，即使没有工作表现，也不会影响收入。因此，我们努力工作的是职称和职位，而不是工作。这种人事制度不反映高等教育市场化的需要，分配机制也不合理。

第三，管理的封闭性、保守性和经验性。几十年来，高校内部控制管理没有太大变化，形成了相当封闭的体系。这个系统很少与社会直接接触，也很少接受外部信息并做出反应，这与现代社会的开放背道而驰。正是因为管理的封闭性，管理才保守经验。创新理念和创新尝试将面临巨大阻力，这将本能地抵制制度的创新。